עזריאל ברגר כתב:אבל רש"י בפרשת פקודי כתב שמזמור זה (עכ"פ הפסוק האחרון שבו) נאמר בהקמת המשכן "והוא אחד מאחד עשר מזמורים שבתפילה למשה" (כלומר: זהו מזמור ראשון מתוך יא מזמורים - צ-ק - שנאמרו ע"י משה, כי מזמור קא חוזר ומתחיל "לדוד מזמור").
מדברי רש"י משמע כי הפסוק 'ויהי נעם' הוא תחלתו של מזמור 'יושב בסתר', כדלהלן:
א. בפרשת פקודי: וַיְבָרֶךְ אֹתָם משֶׁה – אָמַר לָהֶם, יְהִי רָצוֹן שֶׁתִּשְׁרֶה שְׁכִינָה בְּמַעֲשֵׂה יְדֵיכֶם, וִיהִי נֹעַם אֲדֹנָי אֱלֹהֵינוּ עָלֵינוּ וְגוֹ'. וְהוּא אֶחָד מֵאַחַד עָשָׂר מִזְמוֹרִים שֶׁבִּ'תְפִלָּה לְמשֶׁה'. הרי ש'ויהי נעם' איננו סופו של הפרק 'תפלה למשה', שאלמלי כן, הרי התוספת 'והוא אחד מי"א מזמורים שבתפלה למשה', הבאה לשייך את הפסוק למשה רבינו, היא אך למותר. וזאת, מלבד מה שרש"י מכנהו 'מזמור' ('והוא אחד מי"א מזמורים').
ב. על הא דתניא בפ"ב דשבועות שכשמוסיפין על העיר ועל העזרות אומרים שיר של פגעים, מפרש רש"י: שִׁיר שֶׁל פְּגָעִים – 'ישֵׁב בְּסֵתֶר עֶלְיוֹן'. וּלְפִי שֶׁאֲמָרוֹ משֶׁה בַּהֲקָמַת מִשְׁכָּן, דִּכְתִיב 'וַיְבָרֶךְ אֹתָם משֶׁה', וּמַה בֵּרְכָן, יְהִי רָצוֹן שֶׁתִּשְׁרֶה שְׁכִינָה בְּמַעֲשֵׂה יְדֵיכֶם, 'וִיהִי נֹעַם אֲדֹנִי אֱלֹהֵינוּ עָלֵינוּ', וְהָכִי אִיתָא בְּתוֹרַת כֹּהֲנִים, וְהוּא מֵאַחַד עָשָׂר מִזְמוֹרִים שֶׁאָמַר משֶׁה בְּסֵפֶר תְּהִלִּים מִ'תְּפִלָּה לְמשֶׁה' עַד סוֹף 'מִזְמוֹר לְתוֹדָה'.
וכן מורה לשון הטור (או"ח רצה): וְנוֹהֲגִין לוֹמַר 'וִיהִי נֹעַם', לְפִי
שֶׁהוּא מִזְמוֹר שֶׁל בְּרָכָה, שֶׁבּוֹ בֵּרַךְ משֶׁה לְיִשְׂרָאֵל בַּשָּׁעָה שֶׁסִּיְמוּ מְלֶאכֶת הַמִּשְׁכָּן. וְנוֹהֲגִין לִכְפֹּל פָּסוּק 'אֹרֶךְ יָמִים אַשְׂבִּיעֵהוּ', שֶׁעַל יְדֵי כֵן נִשְׁלָם הַשֵּׁם הַיּוֹצֵא מִמֶּנּוּ.